De Latijnse school is dus ontstaan uit de grote school. Deze school was onmisbaar voor diegene die verder wilde gaan studeren. Onder redactie van R. Bastiaanse, H. Bots en M. Evers is in 1985 een onderzoek uitgevoerd naar de zeventien Gelderse Latijnse scholen verschenen onder de titel “Tot meesten nut ende dienst van de jeught” waaronder die van Nijkerk.
Volgens dit onderzoek is het niet bekend wanneer Nijkerk een Latijnse school heeft gekregen. Na de reformatie die in 1592 in Nijkerk haar intrede deed werd het onderwijs bestierd door de Kerkeraad. In 1593 werd Alterus Timmerman ontslagen omdat hij een ‘IJverigen Paapist” was. In juni 1594 werd Fidericus aangesteld als nieuwe rector met een traktement van f 150,00 per jaar, naast het schoolgeld en bovendien een van stadswege beschikbaar gestelde woning. Deze woning bevond zich waarschijnlijk in het zelfde gebouw als waarin de Latijnse school werd gehouden in de Venenstraat.
Al spoedig ontstond de machtstrijd tussen de Kerkeraad en de Ambtjonkers. De laatste wonnen en namen in 1619 de bevoegdheden in schoolzaken over. Dat weten we omdat zij toen een reglement opstelden. De “Ordinantiën der schoolen te Nykerck streckende tot vrede ende enigheyt der meysteren als oyck tot stichtinge der junge jeuchendt”. Dit reglement was voornamelijk bedoeld om de diverse conflicten die er de jaren daarvoor met schoolmeesters waren geweest te voorkomen. Er stonden bepalingen in ten aanzien van de religieuze vorming der leerlingen, zoals de tijd waarop ter kerk werd gegaan, maar ook bepalingen over tucht en orde, lestijden en schoolgeld. Over het lesprogramma werd bepaald dat de meesters de kinderen alleen Latijn en Nederduits mochten leren. Rekenen en andere vakken moesten maar tijdens privélessen gegeven worden.
De nieuwe rector Frans Boon en zijn collega Herman Hendricks, de Duytse meester, moesten het reglement ondertekenen.
Vervolgens is er tot het eind van 17e eeuw geen bronnenmateriaal, zodat we over de periode 1627-1690 weinig weten. Wel weten we dat meester Boon in een huis van de kerk aan het Cingel woond en dat hij na 30 jaar lesgeven in 1651 is overleden. Pas in 1691 met de aanstelling van de nieuwe rector Rutger Elgershuysen worden alle belangrijke beslissingen inzake onderwijs weer opgetekend in de akten van de Ambtsjonkers. Overigens was hij ook chirurgijn en als stadsmedicus aangesteld om de armen gratis te behandelen. Waarschijnlijk bleef hij in functie tot 1713. In dat jaar waren de Ambtjonkers niet meer verplicht een schoolmeester in Nijkerk aan te stellen.
Mede omdat een groot deel van de Ambtsjonkers wel eigendommen in Nijkerk hadden, maar geen inwoner van Nijkerk waren hadden zij geen interesse voor de school in Nijkerk omdat hun kinderen elders naar school gingen.
De burgers van Nijkerk die wel belang hadden bij een Latijnse school hadden geen bevoegdheden. Maar er werd in 1713 door de Ambtsjonkers geen nieuwe rector aangesteld, maar een Franse meester Jacob Crouse. In 1736 opgevolgd door Jean Bonnet. Deze kon nog wel Latijn geven, maar Latijn nam t.o.v. het Frans een ondergeschikte plaats in, zodat eigenlijk vanaf die tijd niet meer gesproken kan worden van een Latijnse school in Nijkerk

Veel van de Latijnse scholen die zich wisten te handhaven zijn later gymnasia geworden. Maar niet in Nijkerk dus.