Van 1850 tot 1861 was Christiaan Eijkman (sr.) hoofd van de Franse school. Zijn vrouw heette Johanna Alida Pool. In 1858 werd daar een jongetje geboren, die naar zijn vader Christiaan werd genoemd. Hij was het zevende kind (van de negen) in het gezin. In 1861 verhuisden zij naar Zaandam waar Christiaan zijn jeugd doorbracht.

In de grote Winkler Prins encyclopedie worden naast Christiaan Eijkman nog twee van zijn (eveneens in Nijkerk geboren) broers genoemd: Johan Frederik Eijkman (1851-1915), Nederlands farmaceut en scheikundige. Deze was hoogleraar in de chemie in Tokio, later in de farmacie en toxicologie (leer van de vergiften) te Groningen. Hij werd bekend door zijn onderzoekingen van Tropische plantenstoffen en door zijn nauwkeurige refractormetrische bepalingen aan synthetische organische producten.

De andere broer: Leonard Pieter hendrik Eijkman (1854-1937) was anglist en foneticus. Hij was aanvankelijk onderwijzer, later leraar in Engeland, te Leiden en te Amsterdam. Hij beijverde zich om de fonetiek (klankleer) als grondslag in te voeren bij het onderwijs in de moderne talen. Hij publiceerde Röntgenfotografische opnamen van spraakbewegingen en leverde zeer nauwkeurige experimentele studies van verschillende Nederlandse en Friese dialecten.